生态补偿，是政府通过财政转移支付，对因保护和恢复生态环境及其功能而使经济发展受到限制的地区，给予的经济补偿。近年来，全国各地都在探索建立生态补偿机制，目前广东、浙江、上海等地已全面确立该机制，常州市也在全市范围内逐步推出。
经统计，2013年-2015年，常州市各级财政部门共安排专项资金1.16亿元，重点支持水稻田和生态公益林生态补偿，其中水稻田补偿资金10662万元，生态公益林补偿资金951.28万元。
一是提高补贴力度。2014年首次将水稻田纳入生态补偿范围，对水稻种植面积在2000亩以上的行政村进行补偿，金坛市、溧阳市每亩50元，武进区、新北区每亩100元。市级公益林补偿标准由原来每亩8元调高到25元，以后随省级公益林补偿标准逐步提高。
二是细化补贴范围。市财政部门会同农业部门，加强补贴范围的测算工作，细化补偿面积认定。其中，水稻面积精确到1亩，生态公益林面积精确到0.1亩。2014年-2015年常州市受补水稻面积年均达899272亩，2013年-2015年常州市受补公益林面积年均达164055.4亩。
三是明确市区责任。水稻田生态补偿资金由市及辖区财政共同承担，其中市级财政对溧阳市、金坛区承担比例为50%，对武进区、新北区、天宁区、钟楼区承担比例为15%；市级生态公益林补偿资金，全部由市级财政承担。
四是深化资金管理。常州财政出台《常州市农业生态补偿专项资金管理暂行办法》，进一步完善建章立制工作，明确资金用途和部门职责，加强财政资金监管力度，提高资金使用效率，为资金使用加上制度“枷锁”。
五是强化资源保护。明确保护范围，确定保护标准，落实保护责任，逐步建立健全生态准入、生态问责、生态监察等长效管理机制，切实加强对水稻田、生态林等生态用地保护，推动区域协调可持续发展。
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